元清觀創建於清乾隆28年（1763年），迄今已有243年歷史，由泉州晉江舊溫陵移民所捐建，因此前殿上方懸有「溫陵福地」匾一座。按《彰化縣志》載：「昔時元清觀前有戲臺一座，逢每年正月初九日玉皇聖誕，火燭輝煌、徹宵如畫、演戲酬神長達十餘日，婦女焚香不絕、觀者如堵。」

道光28年（1848年），山門及戲臺因地震損毀，戲臺自此不曾再興工修建。同治五年（1866年），因建物日益腐朽，乃由陳元吉等人倡議重修，此次重修時間長達20年有餘，直到光緒13年（1887年）才全部完工，大致形成現今之規模。

日治時期，為了拓寬馬路，曾經拆去右側五分之一。因此造成殿宇左右失去平衡、外牆內縮，部份大木結構裸露。

光復後，彰化市公所曾於民國45年（1956年）將廟宇略加修整，並陸續於民國47年（1958年）和64年（1975年）進行部分翻修，但因此段期間有大批的違建戶長年佔住，自行釘板隔間，舉火而炊，以致於廟宇遭到嚴重破壞。

民國71年（1982年），市公所與違建戶達成拆遷協議，並著手進行整修工作。民國74年（1985 年），內政部指定元清觀為臺閩地區第二級古蹟，目前則名列為國定古蹟。