彰化市有許多媽祖廟，其中香火較盛者有內媽祖（天后宮），和外媽祖（南瑤宮）等兩座。南瑤宮又稱彰化媽祖宮，位於今彰化市南瑤里南瑤路四十三號。因創建時此地乃是「邑治南門外尾窯」，故以「南瑤」為名。雍正初年彰化設縣，雍正十二年（1734）時縣令秦士望倣傚昔日諸羅縣知縣周鍾瑄的辦法，在街巷外遍植莿竹為城。相傳當時因工程頗大，故需自四方招攬工人參與，其中有來自諸羅縣笨港街的陶工楊謙者，自家中帶來笨港天后宮天上聖母的香火做為護身符，並將香火掛在建城的工寮內。不料，每到入夜，工寮便五彩繽紛，燦爛奪目，附近居民皆以為奇蹟，相信此為天上聖母顯靈所致，於是有總理林揚等人，捐奉媽祖聖像於福德祠內。

乾隆三年（1738），瓦窯莊陳氏捐獻土地建立一草茅小屋，奉祀媽祖聖像。同年十一月總理吳佳聲、黃景祺、林君、賴武等人募資建廟，並塑神像五尊供奉，正式定名為「南瑤宮」。

南瑤宮正式建廟之後，陸續又有幾次增建活動，第一次為乾隆十四年（1749）三月增建後殿，倡議捐建者為士紳王君揚；第二次為乾隆二十九年（1764）五月，增建左廊廡及祿位祠，奉祀對南瑤宮建廟有功之吳佳聲、黃景祺等十三人之祿位。

嘉慶七年（1802年）南瑤宮主殿重建，廟基擴大五倍。迨至道光十九年（1839），南門口莊總理汪安舒再行倡捐，增建右廊廡及正殿左右門棲栟。同治十一年（1872），本地諸士紳再次鳩貲修飾圓柱棟樑，並增設洗面所，隨即於同治十二年（1873）三月舉行盛大隆重的落成典禮。

南瑤宮自建廟後，聲名遠播，各地信徒為數眾多，並自行組織鑾班會及輿前會，做為每十二年一次聖母正駕前往發源地-笨港進香時的護衛。信徒另又組成媽會，輪辦笨港進香以及重要祭祀事宜，現有老大媽會、老二媽會等十個媽會組織。

日治初期，原來的南瑤宮已日漸老舊，再加上各地前來的香客人數與年俱增，廟內空間愈感不足，地方人士乃積極倡議改築。大正二年（1913），南瑤宮改築委員會成立，並推舉吳汝祥、楊吉臣、吳德功、林烈堂、李崇禮諸士紳分董其事，著手募資改建。大正五年（1916）時完成一座日式神殿，即今之觀音殿（後殿）。然而此一神殿因埋立不實、砌造不牢以及白蟻為害，數年之後即亟需再行重修。大正九年（1920），公推老二媽會大總理林金柱、副總理林泉州兩人為首，對外勸募資金。當時因受商界景況蕭條影響，再加上主事者先後棄世，直到昭和十一年（1936），才完成後殿重修及其他殿宇、附屬設施之改建，廟貌渙然一新。民國六十年代以後，南瑤宮後側又增建凌霄寶殿及左右香客大樓，使得南瑤宮成為一處夾雜閩南、日式以及北方風格的建築群。

昭和16年（1941）南瑤宮因地震影響，正殿屋脊受損，而進行局部整修。光復後，民國49年聘請鹿港彩繪匠師郭新林至廟內彩繪，民國60年新建淩霄寶殿，民國74年4月25日指定為第三級古蹟（現為縣定古蹟）。